به سال 1333 ه.ش در شهرستان میاندوآب در یك خانواده مذهبی و با ایمان متولد شد. در دوران كودكی، مادرش را كه بانویی باایمان بود از دست داد.
تحصیلات ابتدایی و متوسطه را در ارومیه به پایان رساند و در دوره دبیرستان (همزمان با شهادت برادرش علی باكری به دست ساواك) وارد جریانات سیاسی شد.
فعالیت های سیاسی- مذهبی
پس از اخذ دیپلم با وجود آ نكه از شهادت برادرش بسیار متاثر و متالم بود، به دانشگاه راه یافت و در رشته مهندسی مكانیك مشغول تحصیل شد. از ابتدای ورود به دانشگاه تبریز یكی از افراد مبارز این دانشگاه بود. او برادرش حمید را نیز به همراه خود به این شهر آورد.
شهید باكری در طول فعالیت های سیاسی خود (طبق اسناد محرمانه به دست آمده “از طرف سازمان امنیت آذربایجان شرقی” ساواك) تحت كنترل و مراقبت بود. پس از مدتی حمید را برای برقراری ارتباط با سایر مبارزان، به خارج از كشور فرستاد تا در ارسال سلاح گرم برای مبارزین داخل كشور فعال شود.
شهید مهدی باكری در دوره سربازی با تبعیت از اعلامیه حضرت امام خمینی(ره) – در حالی كه در تهران افسر وظیفه بود- از پادگان فرار و به صورت مخفیانه زندگی كرد و فعالیت های گوناگونی را در جهت پیروزی انقلاب اسلامی نیز انجام داد.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی
بعد از پیروزی انقلاب و به دنبال تشكیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، به عضویت این نهاد در آمد و در سازماندهی و استحكام سپاه ارومیه نقش فعالی را ایفا كرد. پس از آن بنا به ضرورت، دادستان دادگاه انقلاب ارومیه شد.
همزمان با خدمت در سپاه، به مدت 9 ماه با عنوان شهردار ارومیه نیز خدمات ارزنده ای را از خود به یادگار گذاشت.
ازدواج شهید مهدی باكری مصادف با شروع جنگ تحمیلی بود. مهریه همسرش اسلحه كلت او بود. دو روز بعد از عقد به جبهه رفت و پس از دو ماه به شهر برگشت و بنا به مصالح منطقه، با مسئولیت جهاد سازندگی استان، خدمات ارزند های برای مردم انجام داد.
شهید باكری در مدت مسئولیتش به عنوان فرمانده عملیات سپاه ارومیه تلاش های گسترده ای را در برقراری امنیت و پاكسازی منطقه از لوث وجود وابستگان و مزدوران شرق و غرب انجام داد و به رغم فعالیت های شبان هروزی در مسئولیت های مختلف، پس از شروع جنگ تحمیلی، تكلیف خویش را در جهاد با كفار بعثی و متجاوزین به میهن اسلامی دید و راهی جبهه ها شد.
نقش شهید باكری در دفاع مقدس
شهید باكری با استعداد و دلسوزی فراوان خود توانست در عملیات فتح المبین با عنوان معاون تیپ نجف اشرف در كسب پیروزی ها موثر باشد. در این عملیات یكی از گردا نها در محاصره قرار گرفته بود، كه ایشان به همراه تعدادی نیرو، با شجاعت و تدبیر ب ینظیر آنان را از محاصره بیرون آورد. در همین عملیات در منطقه رقابیه از ناحیه چشم مجروح شد و به فاصله كمتر از یك ماه در عملیات بیت المقدس (با همان عنوان) شركت كرد و شاهد پیروزی لشكریان اسلام بر متجاوزین بعثی بود.
در مرحله دوم عملیات بیت المقدس از ناحیه كمر زخمی شد و با وجود جراحت هایی كه داشت، در مرحله سوم عملیات به قرارگاه فرماندهی رفت تا برادران بسیجی را از پشت بی سیم هدایت كند. در عملیات رمضان با سمت فرماندهی تیپ عاشورا به نبرد بی امان در داخل خاك عراق پرداخت و این بار نیز مجروح شد، اما با هر نوبت مجروحیت، وی مصمم تر از پیش در جبهه ها حضور می یافت و بدون احساس خستگی برای تجهیز، سازماندهی، هدایت نیروها و طراحی عملیات، شبانه روز تلاش می كرد.
در عملیات مسلم بن عقیل با فرماندهی او بر لشكر عاشورا و ایثار رزمندگان سلحشور، بخش عظیمی از خاك گلگون ایران اسامی و چند منطقه استراتژیك آزاد شد.
شهید باكری در عملیات والفجر مقدماتی و والفجر یك، دو، سه و چهار با عنوان فرمانده لشكر عاشورا، به همراه بسیجیان غیور و فداكار، در انجام تكلیف و نبرد با متجاوزین، آمادگی و ایثار همه جانبه ای را از خود نشان داد. در عملیات خیبر زمانی كه برادرش حمید، به درجه رفیع شهات نایل آمد، با وجود علاقه خاصی كه به او داشت، بدون ابراز اندوه با خانواده اش تماس گرفت و چنین گفت: شهادت حمید یكی از الطاف الهی است كه شامل حال خانواده ما شده است و در نامه ای خطاب به خانواده اش نوشت: «من به وصیت و آرزوی حمید كه باز كردن راه كربلا می باشد همچنان در جبهه ها می مانم و به خواست و راه شهید ادامه می دهم تا اسلام پیروز شود.»
تلاش فراوان در میادین نبرد و شرایط حساس جبهه ها او را از حضور در تشییع پیكر پاك برادر و همرزمش كه سال ها در كنارش بود بازداشت. برادری كه در روزهای سراسر خطر قبل از انقلاب، در مبارزات سیاسی و در جبهه ها، پا به پای مهدی جانفشانی كرد.
نقش شهید باكری و لشكر عاشورا در حماسه قهرمانانه خیبر و تصرف جزایر مجنون و مقاومتی كه آنان در دفاع پاتك های توان فرسای دشمن از خود نشان دادند بر كسی پوشیده نیست. در مرحله آماده سازی مقدمات عملیات بدر، اگرچه روزها به كندی می گذشت، اما مهدی با جدیت، همه نیروها را برای نبردی مردانه و عارفانه تهییج و ترغیب كرد و چونان مرشدی كامل و عارفی واصل، آ نچه را كه مجاهدان راه خدا و دلباختگان شهادت باید بدانند و در مرحله نبرد به كار بندند، با نیروهایش درمیان گذاشت.
نحوه شهادت
بعد از شهادت برادرش حمید و برخی از یارانش، روح در كالبد ناآرامش قرار نداشت و معلوم بود كه به زودی به جمع آنان خواهد پیوست. پانزده روز قبل از عملیات بدر به مشهد مقدس مشرف شد و با تضرع از آقاعلی بن موسی الرضا(ع) خواسته بود كه خداوند توفیق شهادت را نصیبش نماید. سپس خدمت حضرت امام خمینی(ره) و حضرت آیت الله خامنه ای رسید و با گریه و اصرار و التماس درخواست كرد كه برای شهادتش دعا كنند.
مهدی باكری فرماندهی عملیات بدر را به عهده گرفت. به خاطر شرایط حساس عملیات، طبق معمول، به خطرناكترین صحنه های كارزار وارد شد و در حالی كه رزمندگان لشكر را در شرق دجله از نزدیك هدایت می كرد، تلاش می كرد تا مواضع تصرف شده را در مقابل پاتك های دشمن تثبیت كند.
این عملیات گسترده با رمز یا فاطمه الزهرا(س) در محور هور الهویزه در تاریخ ۱۳ اسفند ۱۳۶۳ با محوریت سپاه و فرماندهی شهید باكری انجام شد.
چندین لشكر نیروی زمینی ارتش جمهوری اسلامی ایران و سپاه پاسداران از جمله لشكر ۲۱ و ۲۸ پیاده، تیپ ۵۵ هوابرد، لشكر ۳۱ عاشورای آذربایجان و سپاه اصفهان و خوزستان در این عملیات شركت داشتند. رزمندگان در پیشروی اولیه از جزایر مجنون موفق به گرفتن پاسگاه ترابه و تسخیر بخشی از بزرگراه بغداد-بصره شدند.
سرانجام این فرمانده دلاور در عملیات بدر در تاریخ 25 اسفند 1363، در نبردی دلیرانه، براثر اصابت تیر مستقیم مزدوران بعثی، ندای حق را لبیك گفت و به لقای معشوق نایل گردید. هنگامی كه پیكر مطهرش را از طریق آب های هورالعظیم انتقال می دادند، قایق حامل پیكر وی، مورد هدف آرپی جی دشمن قرار گرفت و قطره ناب وجودش به دریا پیوست